Bactériémie de Salmonella chez les enfants du centre et du nord-ouest du Nigeria, –

Les agents étiologiques des bactériémies infantiles restent mal définis au Nigéria L’absence de telles données favorise l’utilisation sans discernement des antibiotiques et retarde la mise en œuvre de stratégies préventives appropriées. Méthodes Nous avons établi des laboratoires de diagnostic pour la surveillance des bactériémies dans les sites régionaux du Nigeria central et du nord-ouest. Les bactériémies cliniquement soupçonnées ont été évaluées dans des établissements cliniques ruraux et urbains du Territoire de la capitale fédérale, région du centre et à Kano, au nord-ouest du Nigéria. Le sang a été cultivé en utilisant le système automatisé Bactec. de% dans le nord-ouest et de% dans la région centrale Dans les deux régions, les salmonelles représentent% -% des bactériémies et sont la cause la plus fréquente de bactériémies infantiles, avec une prédominance de Salmonella enterica sérovar Typhi prévalence de la résistance à l’ampicilline, chloramphénicol et le cotrimoxazole était en%, avec des différences régionales de sensibilité aux antibiotiques différents mais une prévalence élevée de résistance aux antibiotiques oraux facilement disponibles. Conclusions La salmonelle Typhi est la principale cause de bactériémie infantile dans le centre du Nigéria La surveillance élargie vise à définir la dynamique de transmission. la lutte contre les souches multirésistantes appelle une amélioration de l’assainissement de l’environnement à long terme et une vaccination à court terme

Salmonella, bactériémie, enfants, Nigéria, résistance aux antibiotiquesLes données du Nigéria sur les agents étiologiques de la bactériémie chez les enfants ont été rares et largement basées sur des méthodes d’hémoculture obsolètes, ce qui complique la comparaison des données avec d’autres pays d’Afrique subsaharienne. Plusieurs études étiologiques de bactériémies infantiles utilisant des techniques modernes de culture En général, au Nigéria, les maladies fébriles chez les enfants sont présumées être causées par le paludisme. Si la fièvre persiste après un traitement empirique des antipaludiques, elle est due à une fièvre typhoïde. Fièvre « mais sans confirmation d’hémoculture Dans notre rapport pilote initial de la région centrale , la prédominance des infections à Salmonella enterica sérovar Typhi chez les enfants à cet endroit peut ne pas être applicable à d’autres parties du pays, consiste en des implantations informelles autour d’établissements mieux structurés mais moins abordables dans la ville d’Abuja. nous avons établi une plate-forme de surveillance similaire à Kano, au nord-ouest du Nigeria, plus au nord qu’Abuja, avec différentes conditions climatiques, population et mode de vie. Le but principal de cette étude était de décrire les agents étiologiques de la bactériémie chez les enfants vieilli & lt; années

Méthodes

Nous avons effectué une hémoculture pour l’évaluation des enfants fébriles âgés de plusieurs mois dans des régions du centre et du centre-nord du Nigeria.

Réglage

Le Nigeria est le pays le plus peuplé de l’Afrique subsaharienne, avec une population de presque un million Le territoire de la capitale fédérale FCT a une superficie de km Abuja est une ville «planifiée», car il a été principalement construit dans le s, et officiellement est devenu la capitale du Nigeria en remplaçant la capitale précédente à Lagos. Dans la population a été estimée à des millions, mais peut être actuellement d’environ millions Le FCT continue de connaître une croissance démographique énorme; Il a été rapporté que certaines zones autour d’Abuja ont augmenté à un taux annuel de% -% La propagation rapide des colonies de squatters et des bidonvilles dans et autour des limites de la ville est considérée comme un facteur important de cette croissance rapide. transmission périnatale du paludisme, principalement due à Plasmodium falciparum, et virus de l’immunodéficience humaine Prévalence du VIH chez les femmes enceintes fréquentant les cliniques prénatales Kano est la capitale de l’État de Kano au nord-ouest du Nigeria et l’une des plus anciennes villes du pays. n’est pas aussi cosmopolite qu’Abuja mais est plus densément peuplée Selon les chiffres du recensement, l’état de Kano a une population de millions Il est reconnu comme l’une des villes les plus dynamiques du Nigeria, avec une densité de population d’environ habitants par km. la saison dure de novembre à avril L’état entier est dans la ceinture de la méningococcie La transmission du paludisme est saisonnière , et la prévalence du VIH chez les femmes clinique prénatale est%

Sites d’inscription

À Kano, nous avons recruté des enfants de l’hôpital universitaire Aminu Kano, de l’hôpital pédiatrique Hasiya Bayero et de l’hôpital spécialisé Murtala. L’hôpital universitaire Aminu Kano sert de centre de référence tertiaire, les autres établissements fournissent des services primaires et secondaires. Les soins ambulatoires combinés pour les enfants de ces établissements sont à peu près tous les jours

Inscription des participants

Les critères d’inscription sont les suivants En bref, les enfants âgés de & lt; années qui ont présenté à un établissement d’inscription avec fièvre de & gt; En plus de la prostration, de la convulsion, du refus de nourrir, de la diarrhée ou d’une altération de la conscience, le parent ou le tuteur a donné son consentement éclairé. Un médecin a administré un questionnaire détaillé pour obtenir des informations sur les antécédents cliniques et l’examen physique. Les échantillons ont été prélevés directement dans le flacon de culture Bactec et rapidement livrés au laboratoire de traitement régional dans les heures qui ont suivi leur prélèvement.

Traitement de la culture du sang

Les prélèvements sanguins et le traitement étaient tels que décrits précédemment En bref, nous avons utilisé uniquement des flacons d’hémoculture aérobie et des cultures maintenues dans l’incubateur Bactec pendant un maximum de jours Les bactéries ont été identifiées par une combinaison de tests morphologiques et biochimiques Pour les entérobactéries, nous avons utilisé l’API Système E bioMérieux, France Les tests de sensibilité aux antibiotiques ont été réalisés par Kirby-Bauer selon des critères d’interprétation standards et en utilisant des antibiotiques pour les antibiotiques disponibles localement pour la prise en charge immédiate des patients sur le terrain. et caractérisé en outre au laboratoire de microbiologie clinique du Centre médical de l’Université du Nebraska UNMC en utilisant la méthode Epsilometer

Microbiologie

La bactérémie a été définie comme l’isolement d’au moins des bactéries non contaminantes de la culture sanguine de l’admission. Les staphylocoques à coagulase négative, les espèces de Bacillus, les espèces de Corynebacterium ou les microcoques ont été classés comme contaminants. infection, comme une malformation cardiaque congénitale

Test de sensibilité aux antimicrobiens

Le test de sensibilité aux antimicrobiens a été réalisé au laboratoire de microbiologie de l’UNMC en utilisant le test Epsilometer Etest, la méthodologie bioMérieux selon les méthodes standards Les valeurs MIC minimales ont été interprétées selon les normes CLSI Clinical and Laboratory Standards Institute En raison du manque de normes CLSI La CMI de ≥ a été considérée comme résistante dans ces études. Les points de rupture pour l’interprétation de la susceptibilité pour les différents antibiotiques testés sont résumés dans le tableau supplémentaire.

Sérotypage de Salmonella

Les isolats de Salmonellae ont été identifiés au niveau de sérotype en utilisant le Bioplex Bio-Rad comme décrit précédemment en utilisant le protocole standard de sérotypage moléculaire de Salmonella des Centers for Disease Control and Prevention

Collecte et analyse de données

Les données cliniques ont été collectées à l’aide d’un questionnaire structuré après obtention du consentement éclairé du parent ou du tuteur. Les données d’enquête ont été collectées et gérées à l’aide des outils de capture électronique REDCap hébergés à l’UNMC IBM SPSS a été utilisé pour l’analyse des données. groupes utilisant un χ test ou χ test de tendance le cas échéant

Déclaration d’éthique

Cette étude a été approuvée par les comités d’éthique du FCT, de l’hôpital national Abuja, du centre médical Zankli, du centre médical fédéral Keffi, de l’hôpital universitaire Aminu Kano et de l’UNMC, Omaha Institutional Review Board

RÉSULTATS

Dans l’ensemble, nous avons dépisté la bactériémie chez les enfants. Sur le site du FCT, nous avons dépisté des enfants atteints de bactériémie à Salmonella Typhi, de salmonelles non salmonellulaires NTS et d’autres formes de bactériémies avec un âge moyen et des mois à Kano. de janvier à mars était; Les données démographiques détaillées n’étaient disponibles que sur les enfants dépistés à partir de septembre n = Parmi ceux-ci, l’âge moyen des bactériémies à Salmonella Typhi était de plusieurs mois, alors que l’âge moyen était de NTS et d’autres formes de bactériémie.

Tableau Répartition des taux de positivité de la culture sanguine par âge à Kano, au nord-ouest du Nigeria Âge Salmonella Typhi NTS Autres bactéries Total avec culture positive% Nombre d’enfants examinés – mo-mo-mo-mo-mo Total Age Salmonella Typhi NTS Autres bactéries Total avec culture positive Nombre d’enfants examinés – mo-mo-mo-mo-mo Abréviation totale: NTS, non-salmonoidal SalmonellaView LargeAu centre, FCT, nous avons inscrit des enfants entre juin et mars, dont% présentaient une bactériémie cliniquement significative. La salmonellose invasive, composée de Salmonella Typhi dans les cas et NTS dans les cas Tableau Taux de positivité de la culture par site pour les agents bactériens cliniquement significatifs sont résumés dans Figure Les taux d’inscription n’étaient pas uniformes pendant toute la période de surveillance en raison du Grève, manque de lits d’hôpital et insurrection civile à Kano Une estimation du taux d’inscription quotidien par site est fournie dans le tableau supplémentaire

Tableau Répartition du taux de positivité de la culture sanguine selon l’âge dans le territoire de la capitale fédérale, Nigéria central Âge Salmonella Typhi NTS Autres bactéries Total avec culture positive% Nombre d’enfants examinés – mo-mo-mo-mo-mo Total Age Salmonella Typhi NTS Autres bactéries Total Avec Culture positive% Nombre d’enfants dépistés – mo-mo-mo-mo-mo Abréviation totale: NTS, non-salmonoidal SalmonellaView Large

Figure Vue largeDownload slideCulture taux de positivité par site pour les agents bactériens cliniquement significatifs Abréviations: Cipro inter, résistance intermédiaire à la ciprofloxacine; FCT, Territoire de la capitale fédérale; Sulfa, sulfamethoxazoleFigure View largeTélécharger la diapositive Taux de positivité de la culture par site pour les agents bactériens cliniquement significatifs Abréviations: Cipro inter, résistance intermédiaire à la ciprofloxacine; FCT, Territoire de la capitale fédérale; Sulfa, sulfamethoxazoleIn Kano, à l’endroit du nord-ouest, nous avons examiné les enfants pendant la période de janvier à avril De ceux-ci, de% eu bactériémie cliniquement significative Salmonellae représentaient% des cas, consistant en Salmonella Typhi et cas de NTS. Kano ne couvre que la période de septembre à mars au cours de laquelle les enfants ont été dépistés. En stratifiant selon l’âge, le taux de positivité le plus élevé a été enregistré chez les personnes âgées. , mois ou NTS âge moyen, mois par rapport à d’autres types de bactériémie âge moyen, mois; Table

Tableau de distribution des sérotypes de Salmonella non nyphoïdiques au Nigeria Serovar Non Salmonella Typhimurium Salmonella Enteritidis Salmonella Durban Salmonella Virchow Salmonella Dublin Salmonella Abony Salmonella Brendeney Salmonella Paschanante Salmonella Poona Salmonella Colindale Salmonella Galiema Salmonella spp Total Serovar Non Salmonella Typhimurium Salmonella Enteritidis Salmonella Durban Salmonella Virchow Salmonella Dublin Salmonella Abony Salmonella Brendeney Salmonella Pasing Salmonella Poona Salmonella Colindale Salmonella Galiema Salmonella spp Total Voir grand

Saisonnalité de la bactériémie

A Kano, il y a eu des enfants atteints de bactériémie pendant les mois d’avril et septembre et pendant les mois d’octobre à mars. Parmi ceux-ci, des% ont eu une bactériémie à Salmonella Typhi; de% et de% avaient NTS et autres formes de bactériémies, respectivement Pendant la saison sèche, de% avaient Salmonella Typhi, de% avaient NTS, et de% avaient d’autres formes de bactériémie En utilisant un test de Pearson χ, il y a une augmentation significative de distribution des cas de fièvre typhoïde pendant la saison sèche P & lt; et une prévalence plus élevée d’autres formes de bactériémie pendant la saison des pluies à Kano P & lt; Dans FCT, bien que la durée de la surveillance ait été plus longue qu’à Kano, la fréquence des cas selon la distribution saisonnière est trop faible pour une interprétation significative

Serovars NTS

La distribution des sérovars de Salmonella est résumée dans le tableau Dans l’ensemble, les sérovars les plus prévalents étaient Typhimurium et Enteritidis, représentant respectivement% et%

Distribution de la résistance aux antibiotiques

Des tests de sensibilité aux antibiotiques ont été réalisés sur des isolats obtenus sur la période novembre-mars de Kano et juin-mars de la FCT La majorité des isolats de Salmonella étaient résistants au sulfaméthoxazole de [%], alors qu’aucun isolat n’était résistant à la ciprofloxacine ou à l’imipénème. d’isolats résistants au chloramphénicol, à l’ampicilline et au triméthoprime-sulfaméthoxazole TMP-SMX, classés comme multirésistants, variés selon les années et les lieux Au FCT, il s’agissait de% in et% in, alors qu’à Kano, il était% in et% En proportion, les isolats du SNRC étaient% plus résistants que les isolats de Salmonella Typhi, et la différence dans la distribution de la pharmacorésistance entre NTS et S Typhi était significative.

Patterns de résistance pour NTS

Comparativement aux isolats NTS d’Abuja, les isolats NTS de Kano présentaient une proportion plus élevée de résistance avec des différences significatives de distribution en ampicilline%; P & lt; , céfoxitine%; P =, TMP-SMX%; P = et tétracycline%; P =

Modèles de résistance pour les isolats S Typhi

Les isolats de Salmonella Typhi de Kano présentaient une proportion plus élevée de résistants avec des différences significatives de distribution en streptomycine%; P & lt; , tandis que ceux d’Abuja avaient une proportion plus élevée de résistance avec des différences significatives dans la distribution au chloramphénicol%; P & lt;

Mortalité

Nous n’avons pas établi de surveillance de la mortalité jusqu’à très récemment en raison de la logistique nécessaire pour assurer le suivi des participants d’une très vaste zone géographique et d’un nombre très limité de patients hospitalisés. chez les enfants âgés de & lt; Parmi ces décès, il y avait des hémocultures positives, consistant en Salmonella Typhi n =, Streptococcus pneumoniae n =, Streptococcus α-hémolytique n =, et Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Salmonella groupe B, et Klebsiella pneumoniae n = l’hémoculture n’a pas donné de croissance Au cours de cette période limitée de surveillance de la mortalité, seuls les décès d’un patient hospitalisé ont été documentés. La mortalité spécifique à l’agent pathogène pour Salmonella Typhi était de%

DISCUSSION

À notre connaissance, ce rapport fournit des données de surveillance de bactériémie sur la plus grande population du Nigéria à ce jour. En outre, il fournit une comparaison régionale des isolats invasifs de Salmonella aux endroits avec une population différente, l’emplacement géographique, et peut-être Le profil de la salmonellose invasive diffère de celui des autres pays d’Afrique subsaharienne, où le NTS est plus prévalent que le sérovar Typhi Bien que l’on pense généralement que la fièvre typhoïde est endémique au Nigéria, le fardeau de la maladie n’a pas été objectivement établi. la plupart des établissements de santé ne sont pas équipés d’un laboratoire de microbiologie diagnostique et une évaluation avec une hémoculture n’est généralement pas pratiquée. Le diagnostic étiologique améliore la qualité de la prise en charge clinique, et en particulier la salmonellose invasive, il est important de différencier fièvre typhoïde et NTS. perspective de santé, l’implication pour la gestion des patients avec la fièvre typhoïde devrait déclencher le dépistage des contacts pour prévenir la propagation de l’infection et une évaluation attentive du patient et un suivi des complications retardées telles que perforation iléale terminale, rechute et complications neuropsychiatriques. Plusieurs cas de perforation iléale terminale ont été signalés au Nigeria; La mortalité associée à cette complication varie de% dans les centres de référence tertiaire à aussi élevé que% dans les établissements primaires ou secondaires Bien que ces complications soient Le diagnostic avec NTS devrait déclencher le dépistage des facteurs de risque sous-jacents tels que l’infection par le VIH, en particulier chez les enfants plus âgés. Il est important de définir le fardeau des NTS et de la maladie typhoïde car ces deux maladies peuvent être évitées

Options de traitement de guidage

Une approche pragmatique a été adoptée en pratique clinique au Nigéria et dans la plupart des pays en développement pour utiliser la ceftriaxone par voie parentérale pour la prise en charge empirique de tout syndrome bactériémique et avec de bons résultats cliniques dans la plupart des cas. Les isolats invasifs de notre étude étaient uniformément sensibles à la ceftriaxone, mais la sensibilité limitée aux alternatives orales à l’exception de la ciprofloxacine est préoccupante. L’utilisation continue de la ceftriaxone pour une prise en charge empirique pourrait laisser présager de sérieux défis cliniques à court terme vers intestinaux. l’avenir pour un certain nombre de raisons Premièrement, en tant qu’agent à large spectre, il est couramment associé à une forte incidence de production d’enzymes β-lactamase à spectre étendu chez les Enterobacteriaceae La prévalence des ESBL dans cette population du Nigeria est actuellement inconnu Deuxièmement, il est disponible uniquement dans un fo la modulation; cependant, la plupart des patients sont hospitalisés pour un traitement parentéral seulement tant qu’ils peuvent supporter le coût de l’hospitalisation et pas nécessairement pour la durée optimale requise pour la guérison. Bien qu’il y ait une place pour les injections quotidiennes de ceftriaxone, l’efficacité de cette approche la durée optimale requise est inconnue Une option orale plus pratique, la ciprofloxacine, a été adoptée récemment et gagne de plus en plus d’applications. Elle est moins chère que la ceftriaxone et, selon les données présentées dans ce manuscrit, la plupart des isolats sont sensibles. l’utilisation généralisée de la ciprofloxacine exigera une surveillance continue de l’émergence de la résistance chez les Enterobacteriaceae, y compris Salmonella et Mycobacterium tuberculosis, une autre maladie prévalente dans ce contexte pour laquelle les quinolones sont réservées en traitement de seconde intention pour les infections multirésistantes. tous les isolats étaient sensibles à la ciprofloxacine, % à chaque site étaient intermédiaires et environ% des isolats des deux sites étaient résistants à l’acide nalidixique, ce qui suggère une résistance à la ciprofloxacine

Différence dans les profils de résistance aux antibiotiques

NTS et Salmonella Typhi sont connus pour avoir des caractéristiques distinctes dans leurs propriétés biologiques, leur mode de transmission et leur pathogenèse Ainsi, alors que leur contribution à la maladie peut être différente dans plusieurs pays, la différence d’épidémiologie de la maladie au Nigeria est moins bien décrite. Il n’est pas évident que la prévalence de la salmonellose invasive résistante aux médicaments soit plus élevée à Kano qu’à Abuja. Comme il semble que ce risque ne soit pas principalement dû à la prévalence de l’utilisation d’antibiotiques en vente libre, nous sommes en train d’évaluer le rôle des facteurs de risque de l’hôte comme la drépanocytose, le VIH et la malnutrition, qui sont tous des facteurs connus pour être associés à une utilisation fréquente d’antibiotiques. De plus, il a été bien décrit qu’une grande proportion des antibiotiques ambulatoires vendus dans des pharmacies locales non réglementées sont fausses. ou dépassé, ce qui rend difficile l’établissement de la prévalence de la consommation d’antimicrobiens Nous entreprenons également caractérisation moléculaire de ces isolats La diversité de la géographie, des conditions climatiques, des groupes ethniques et des pratiques culturelles au Nigéria fournit une plate-forme unique pour des études approfondies des facteurs écoépidémiologiques qui affectent la transmission des maladies et l’identification des réservoirs pour ces infections. qui comblera les lacunes actuelles en matière de connaissances et optimisera le déploiement des vaccins antityphoïdiques de nouvelle génération et de ceux en cours de développement contre la maladie invasive du SNT

Limites de l’étude

Cette étude n’a pas été conçue principalement pour évaluer le fardeau de la salmonellose invasive, mais plutôt pour l’évaluation de la pneumococcie invasive chez les enfants. Les critères d’entrée de l’étude ont été optimisés pour un haut rendement de pneumococcie invasive et non pour Salmonella. Documenter le volume sanguin du patient qui a été cultivé en pesant les flacons d’hémoculture Cependant, les cliniciens ont toujours assuré un minimum de mL de sang, mesuré par la seringue qui a été inoculée dans la bouteille de culture. Seuls les enfants âgés de & lt; des années ont été incluses dans l’étude. La collecte de données du reste de la population sera souhaitable pour fournir des données plus complètes sur la charge de morbidité. Nous avons également recruté préférentiellement des enfants plus malades nécessitant une hospitalisation plutôt que des patients ambulatoires. Ainsi, l’estimation actuelle de cette surveillance sous-estime probablement le fardeau réel de la bactériémie à Salmonella chez les jeunes enfants et ne fournit aucune donnée chez les enfants plus âgés ou chez les adultes. Nous avons été incapables d’établir une surveillance des résultats jusqu’à récemment à l’emplacement dans le nord-ouest, pour des raisons logistiques Les études futures basées sur ces observations préliminaires doivent inclure les enfants et les adultes et de préférence dans le contexte d’une population définie, pour permettre la production d’estimations de l’incidence réelle de la maladie. pour la perforation iléale terminale devrait être incorporé i En conclusion, cette étude fournit les plus grandes données de surveillance à ce jour sur le fardeau de la fièvre typhoïde chez les enfants au Nigéria, en utilisant l’étalon-or de l’hémoculture. de la maladie confirmée par la culture est une préoccupation de santé publique et devrait inciter à des études supplémentaires sur la dynamique de la transmission de la maladie, de sorte que des mesures préventives efficaces peuvent être mises en œuvre

Données supplémentaires

Les documents supplémentaires sont disponibles à Clinical Infectious Diseases en ligne http: // cidoxfordjournalsorg Les documents supplémentaires sont constitués de données fournies par l’auteur qui sont publiées au profit du lecteur Les documents affichés ne sont pas copiés Le contenu de toutes les données supplémentaires sont de la seule responsabilité des auteurs ou les messages concernant les erreurs doivent être adressés à l’auteur

Remarques

Remerciements Nous sommes reconnaissants pour le soutien institutionnel apporté par l’administration des sites locaux de l’Université d’Abuja, de l’hôpital national Abuja, de l’hôpital général de Nyanya, du centre médical fédéral Keffi, de l’hôpital universitaire Aminu Kano, de l’hôpital spécialisé Murtala Mohammed et des hôpitaux pédiatriques Hasiya Bayero. Kano Enfin, nous remercions les parents et les tuteurs des enfants qui ont contribué à ce projet avec des échantillons cliniquesDisclaimer Le contenu est uniquement de la responsabilité des auteurs et ne représente pas nécessairement les opinions officielles des agences de financement. Soutien financier La recherche rapportée dans cette publication a été soutenue par l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses du National Institute of Health Awards numéro RAI; le Bill & amp; Le numéro de subvention de la Fondation Melinda Gates OPP; et des subventions internes de l’Université du Nebraska Medical CenterSupplement parrainage Cet article a été publié dans le cadre du supplément « Invasive Salmonella Disease en Afrique », parrainé par l’Université d’Otago Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signaléTous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour Divulgation des conflits d’intérêts potentiels Les conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués