Séquençage de nouvelle génération pour l’identification de la résistance au pyrazinamide chez Mycobacterium tuberculosis

Au rédacteur en chef-Nous lisons avec intérêt l’article récent de Kurbatova et al Pyrazinamide PZA est un élément clé de la multithérapie antituberculeuse, dans les régimes de première et de deuxième ligne Dans leur article, Kurbatova et ses collègues soulignent l’importance de la santé publique de décrivant l’épidémiologie de l’infection à Mycobacterium tuberculosis MTB résistante au PZA aux Etats-Unis La résistance semble augmenter globalement, mais son diagnostic est problématique en raison de problèmes de normalisation avec les tests de sensibilité aux médicaments PZA NGS séquençage du gène pncA du MTB Nous avons utilisé le NGS pour analyser un échantillon aléatoire d’isolats cliniques provenant d’une collection sud-africaine d’isolats reconnus comme étant résistants aux médicaments, multirésistants aux médicaments, ou résistance aux médicaments par phénotypage Neuf des souches% ont révélé une résistance phénotypique au PZA Nous avons observé que tous contenaient une mutation d’acides aminés qui conférerait une résistance au PZA. Parmi ceux-ci, il y avait une nouvelle mutation dans un codon stop au niveau du résidu. De plus, les caractéristiques de croissance du MTB rendent difficile l’établissement d’une résistance au PZA. Comme l’ont noté les auteurs, «le développement de méthodes de laboratoire plus rapides et plus fiables pour détecter la résistance au PZA est une priorité» http://sildenafilca.org. Dans une autre utilisation récente du séquençage complet du gène Ion Torrent, nous avons caractérisé résidant aux États-Unis La caractérisation génétique des gènes de résistance complète a été réalisée quelques jours après la réception d’isolats provenant des patients MDR et d’une souche hautement résistante résistante à l’isoniazide, la rifampicine, le PZA et la streptomycine, mais sensible aux fluoroquinolones le séquençage Ion Torrent et le système de culture liquide Bactec MGIT NGS ont révélé un nouveau gène Lysine – Arg KR pncA mut Le test de sensibilité aux médicaments phénotypiques peut ne pas détecter les sous-populations de MTB résistantes dans un échantillon, lorsque celles-ci existent. Le séquençage profond permet la détection de l’hétérorésistance chez les animaux de laboratoire. Dans le cas du PZA, par exemple, un isolat présentant une faible concentration d’organismes résistants au médicament peut être signalé initialement comme sensible par des méthodes phénotypiques, mais au cours du traitement, le PZA Dans une petite série d’isolats sud-africains, nous avons récemment observé des résultats contradictoires entre les données phénotypiques Wayne test et MGIT et le séquençage traditionnel de Sanger dans des isolats. En appliquant le séquençage profond Ion Torrent, nous avons pu résoudre l’anomalie Deux sous-populations de organismes ont été identifiés, l’un avec un génotype qui confère Les données non publiées NGS peuvent aider à résoudre les résultats discordants entre les tests phénotypiques et le séquençage de Sanger, en particulier dans les échantillons initiaux ou prétraitement où les méthodes de test phénotypiques pourraient avoir un effet négatif sur le phénotype. L’analyse par Kurbatova et al de l’épidémiologie de la résistance au PZA aux États-Unis a mis l’accent sur l’étendue et la nature du problème dans ce pays. Nos observations dans l’analyse des spécimens de tuberculose MDR aux États-Unis et l’Afrique confirment la nécessité d’une surveillance continue et plus aiguë du problème de résistance au PZA, car une compréhension claire de l’implication clinique des résultats actuels des tests de résistance phénotypique et génotypique à ce médicament n’est pas disponible NGS de PZA et autres gènes de résistance aux médicaments pourrait aider de manière significative à cet égard et pourrait devenir un outil pratique le traitement du MTB chez les individus suspectés de transporter des MTB résistants aux médicaments provenant de régions à forte prévalence à travers le monde

Remarque

Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit rapporté Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués